Sau đó Thiết Thất lập Dã Tôn Thiết Mộc Nhi lên ngôi tại bờ sông Kherlen ở Mông Cổ vào ngày 4 tháng 10 năm 1323, lấy niên hiệu là Thái Định Đế, tức Nguyên Tấn Tông[7], còn Thiết Thất làm tri khu mật viện sự. Tấn Tông vừa mới lên ngôi thì bị nhiều đại thần nghi kị là tham gia vào vụ ám sát Anh Tông. Để tránh bị liên lụy, đầu năm 1324, Tấn Tông hạ lệnh xử tử Thiết Thất và toàn bộ phe cánh của y.[8]. Sau đó ông gửi phiến quân đến Đại Đô và Thượng Đô để tranh trừng toàn bộ thế lực chống đối để củng cố địa vị Hoàng đế Đại Nguyên mà các ngoại thích đã tranh giành từ cuối thời Nguyên Vũ Tông. Năm Thân vương có liên quan đều bị đày đến Vân Nam, Hải Nam và các vùng xa xôi khác. Đại thần người Hán dâng sớ yêu cầu Tấn Tông truy giết thân nhân của Thiếp Mộc Điệp, Thiết Thất và phe cánh họ để trừ hậu họa, nhưng ông đã từ chối[9]. Ông ra chỉ dụ ân xá cho gia đình tội nhân, thậm chí trao trả những tài sản bị tịch thu của tội nhân cho chính gia đình họ[10].

Mang tiếng chiếm đoạt ngai vàng bằng mưu đồ giết chóc, Nguyên Tấn Tông cố gắng tìm kiếm sự ủng hộ rộng nhất có thể. Để chiếm được cảm tình của dân, ông bày tỏ lòng tôn trọng đối với truyền thống Nho giáo từ khi bắt đầu triều đại. Tuy nhiên, các đại thần Hồi giáo và Mông Cổ, người tháp tùng ông từ thảo nguyên về kinh thành vẫn chiếm vị trí chủ chốt trong triều vào giai đoạn này. Kumeijil và Tas Temur là phe cánh lớn nhất; Đảo Thích Sa là người quản lý chính sự của Trung thư tỉnh (中書省), sau đó phụ trách kiểm duyệt, và cuối cùng giao cho Kumeijil và Tas Temur xử lý; Andachu phụ trách quản lý quân đội triều đình[11]. Ngoài Đảo Thích Sa, hai vị quan Hồi giáo, Ubaidullah và Bayanchar cũng phụ trách cai quản chính sự. Mahumud Shah và Hasan Khoja cai quản quân sự. Trái ngược với người Hồi giáo, các quan đại thần người Hán không có sức ảnh hưởng đối với triều chính. Hành động thiên vị người Mông Cổ rõ rệt nhất của Hoàng đế, chính là miễn thuế cho các tín đồ Kitô giao và Hồi giáo[12].

Tuy nhiên, Nguyên Tấn Tông lên án sự lãng phí của triều đình khi mua đá quý đắt tiền, nhập khẩu bởi các thương gia ngoại quốc và bán giá gấp 10 lần so với giá trị ban đầu, trong khi nhiều người dân khác đang chịu nạn đói. Năm 1326, Khả hãn Ozbeg của hãn quốc Kim Trướng đã tặng một con báo săn cho vua Nguyên, và được Tấn Tông dùng vàng, bạc, tiền mặt và lụa để đáp trả[13].

Trong triều đại của mình, Nguyên Tấn Tông đã chia vương quốc thành 18 quận, được quản lý chặt chẽ bởi các Quận chúa (trước đây là 12 quận). Hầu hết, các Quận chúa đều phàn nàn về các Lạt ma, những người được Hoàng đế nể trọng, rằng họ đã vi phạm luật pháp nghiêm trọng, làm nhục người dân. Họ xâm nhập nhà cửa, đuổi chủ nhà và giở trò đồi trụy với nữ giới, ngoài ra còn khá nhiều những chuyện đáng xấu hổ khác. Nỗi sợ của người dân gia tăng đến đỉnh điểm, khiến Hoàng đế ra lệnh cấm các Lạt-ma vào Trung Quốc. Ngoài Phật giáo, Tấn Tông còn bỏ bê truyền thống thờ cúng của người Mông Cổ[14].

Nhìn chung, Nguyên Tấn Tông được ghi nhận chăm lo triều chính, thương mến dân tình. Suốt 5 năm tại ngôi, ông có đưa ra nhiều chính sách cải thiện dân tình, nhưng lại không tiếp thu ý kiến của các đại thần, trung thần,... Vì vậy nên con đường cải cách chính trị đã gặp vô số khó khăn. Thay vì nghiêm trị, Tấn Tông chọn cách khoan dung quá mức nên chính sự, kỷ cương ngày càng lỏng lẻo. Những tên địa chủ lợi dụng lòng tin của triều đình mà cướp bóc của cải, chiếm đoạt ruộng đất dân nghèo. Những kẻ cướp luôn quấy nhiễu đời sống xã hội của người dân.